Die Symptome hängen vor allem davon ab, an welchem Ort der Tumor im Verdauungstrakt entstanden ist. Die meisten GIST finden sich im Magen oder Dünndarm. Typische Beschwerden sind daher Bauchschmerzen oder Blutungen, aber auch Übelkeit kann vorkommen. Die Blutungen können sich beispielsweise durch Bluterbrechen, schwarz gefärbten oder blutigen Stuhl äußern. Findet sich der Krebs in der Speiseröhre, klagen die Patienten manchmal über Schluckstörungen. Tumoren im Dickdarm können den Darmquerschnitt so stark einengen, dass Verstopfung oder sogar ein Darmverschluss auftreten kann. Im schlimmsten Fall durchbricht der Tumor die Wand des Magen-Darm-Trakts. Folgen sind dann schwerwiegende Blutungen, die im Rahmen einer Notoperation sofort versorgt werden müssen.